清代以前中国的土地占有量一般在每人五亩以上 。由于人口基数相对较?。?所以大量以森林和草地为主要植被的山地没得到开垦，而这就为散养型的畜牧业提供了广阔的生存空间 。这一时期牛羊肉在中国人的肉食结构中占有相当的比重 ， 而压制牛羊肉的腥臊味就是各地广泛使用辛味调料的一个重要原因 。明代从海外引入了土豆、玉米、番薯等高产作物 ， 从而引发了持续的人口增长和山地开发 。到了清代人口开始高速增长，而在这一过程中大量草地和林地被开垦为耕地 。
散养的牛羊畜牧业因此逐渐萎缩，家庭养猪和家禽肉类在饮食中的比重大大增加 。随着猪肉成为中国人最主要的肉食后对辛味调料的需求已不复从前，与此同时来自美洲的辣椒也开始传入中原 。人们逐渐发现这种原本用来观赏的植物也拥有辛辣香气，于是茱萸等传统辛香料逐渐就被取代了 。辣椒传入中国后花椒入谱比例尽管开始萎缩，但时至今日花椒仍在中国人的食谱中保留有一席之地，相比之下茱萸在今天的中国已不再被作为一种做菜的调料了 。
1591年成书的《遵生八笺》是目前发现的最早对辣椒进行记载的中国古籍 。辣椒传入中国可能有几条路线：16世纪下半叶那些活跃在马尼拉进行丝绸贸易的中国商人把辣椒带到了浙江 ， 与此同时辣椒可能也通过传统的陆上丝绸之路传入到西北地区，荷兰殖民者则把辣椒带到了台湾，17世纪初东北地区从鸭绿江对岸的朝鲜得到了辣椒......辣椒传入中国后很长一段时间内都没作为食物，而是被当成观赏的花草 。与浙江毗邻的江苏直到清朝嘉庆七年（1802年）才在《太仓府志》中出现了关于辣椒的记载 。
要一直等到民国时期江苏大部分地区才开始种植辣椒，相比之下南边的广东倒是从乾隆年间开始就一直对辣椒有所记载，然而广东人相对清淡的口味使辣椒在广东的种植并不普遍：民国二十一年（1931年）广东各县中只有紫金、平远两县蔬菜中有辣椒 。辣椒传入沿海的浙江地区向北、向南的传播都不顺利，相比之下向西部的长江中上游地区的传播则要顺利得多：沿着长江上溯西进的辣椒在湖南形成了一个刺激中心，然后从这里逐渐传播到湖北、贵州、四川等地 。
如今湖南、四川、贵州等地构成了中国口味最烈的吃辣区域 。在四川方言中将辣椒称之为“海椒”，这也许正昭示着这种作物的来历 。尽管今天的四川人在全国都以吃辣而闻名，然而辣椒在四川出现的历史并不长：直到乾隆十四年（1749）才在成都郊区的大邑县县志中首次出现关于“海椒”的记载，这比湖南人首次记载辣椒晚了近半个世纪左右 。由此我们大致可以推测：也许川人的祖先从海外贸易中偶然得到了辣椒这种作物，他们从沿海地带一路辗转进入包括今天湖南、湖北在内的湖广地区 。
这里相对潮湿的气候使他们养成了吃辣祛寒湿的习惯 。在明末清初的湖广填四川过程中他们从湖广地区进入四川 ， 而他们所带来的辣椒这一作物已极大改变川菜的风味，甚至可以说如今我们已无法想象离开辣椒的川菜会是什么样 。明末清初恰恰是川菜历史上的一个分界线：在此之前李白、苏轼当年所吃的的川菜和我们今天吃到的川菜相去甚远，而最主要的差别就是因为后来辣椒的加入所造成的 。这一分界转折和明末清初的湖广填四川有着密不可分的关系 。
1639年明末农民起义军领袖张献忠入川，1644年张献忠第二次入蜀后建立大西政权 。据《平寇志》、《蜀难叙略》、《时变纪略》、《荒书》、《蜀乱》、《纪事略》、《寄园寄所寄》、《蜀碧》、《明史》、《圣教入川记》、《滟预囊》、《四川通志》、《成都史志》等相关史料记载：张献忠入蜀后大肆屠杀当地民众 ， 也有一种说法认为所谓“张献忠屠蜀”可能是后来满清王朝的栽赃 。目前史学界更倾向于认为：张献忠势力、明朝政府军以及后来的清军都或多或少存在不同程度的屠杀平民的现象 。
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