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万能转换：R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML

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万能转换：R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML

文章插图
万能转换：R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等
R包export可以轻松的将R绘制的图和统计表输出到 Microsoft Office (Word、PowerPoint和Excel)、HTML和Latex中，其质量可以直接用于发表 。
  • 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
  • Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及


特点
  1. 可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或base R图保存到Microsoft Word、Powerpoint或其他各种位图或矢量格式 。
  2. 完全可编辑的Powerpoint矢量格式输出，支持手动整理绘图布局 。
  3. 将统计分析的输出保存为Excel、Word、PowerPoint、Latex或HTML文档的表格形式 。
  4. 自定义R输出格式 。
安装export包可以在Windows、Ubuntu和Mac上跨平台运行 。不过有些Mac发行版默认情况下没有安装cairo设备，需要自行安装 。如果Mac用户已安装XQuartz，这个问题就解决了，它可以从https://www.xquartz.org/免费获得 。
官方CRAN发布 （以不能用）install.packages("export")
从 Github 安装 （推荐

install.packages("officer")install.packages("rvg")install.packages("openxlsx")install.packages("ggplot2")install.packages("flextable")install.packages("xtable")install.packages("rgl")install.packages("stargazer")install.packages("tikzDevice")install.packages("xml2")install.packages("broom")install.packages("devtools")devtools::install_github("tomwenseleers/export")


该包主要包括以下几种转换
  • graph2bitmap
  • graph2office
  • graph2vector
  • rgl2bitmap 转换3D图
  • table2office
  • table2spreadsheet
  • table2tex
  • graph2bitmap: 将当前R图保存到bmp文件中
  • graph2png: 将当前R图保存到png文件中
  • graph2tif: 将当前R图保存到TIF文件中
  • graph2jpg: 将当前R图保存为JPEG文件
使用帮助信息如下：
graph2bitmap(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = c("PNG","JPG", "TIF"),aspectr = NULL, width = NULL, height = NULL, dpi = 300,scaling = 100,font =ifelse(Sys.info()["sysname"] == "Windows", "Arial","Helvetica")[[1]], bg = "white", cairo = TRUE,tiffcompression = c("lzw", "rle", "jpeg", "zip", "lzw+p", "zip+p"),jpegquality = 99, ...)
  • aspectr: 期望纵横比 。如果设置为空，则使用图形设备的纵横比 。
  • width: 所需宽度(英寸);可以与期望的纵横比aspectr组合 。
  • height: 所需高度(英寸);可以与期望的纵横比aspectr组合 。
  • scaling: 按一定比例缩放宽度和高度 。
  • font: PNG和TIFF输出中标签所需的字体; Windows系统默认为Arial，其他系统默认为Helvetica 。
  • bg: 所需的背景颜色，例如“白色”或“透明” 。
  • cairo: 逻辑，指定是否使用Cairographics导出 。
  • tiffcompression: 用于TIF文件的压缩 。
  • jpegquality: JPEG压缩的质量 。
准备开始安装完 export包后，先调用该包
library(export)
用ggplot2绘图library(ggplot2)library(datasets)
x=qplot(Sepal.Length, Petal.Length, data = https://www.520longzhigu.com/shenghuo/iris,color = Species, size = Petal.Width, alpha = I(0.7))
qplot()的意思是快速作图，利用它可以很方便的创建各种复杂的图形，其他系统需要好几行代码才能解决的问题，用qplot只需要一行就能完成 。
使用半透明的颜色可以有效减少图形元素重叠的现象，要创建半透明的颜色，可以使用alpha图形属性，其值从0（完全透明）到1（完全不透明） 。更多ggplot2绘图见ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) （往期教程更有很多生物信息


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