但动力系统的故障率比较恼人 。艇上15个柴油油箱在柴油用完后，用海水填充，保持浮力不变，这是常规设计，关键是换回柴油的时候要保证海水不会与柴油混合而进入发动机 。在使用中发现，设计不合理、柴油与海水不能靠重度差可靠分离、艇员训练水平导致海水进入发动机，加上柴油里含有微生物，加剧发动机部件的腐蚀 。后来通过凝聚过滤、杀菌剂和加强训练解决了 。
大轴密封是另一个问题 。设计上容许每小时渗漏不超过10升海水，但测试中常有每小时渗漏几百升的事情 。在一次深潜测试中，竟然达到每分钟1000升 。厂方的建议是每次下潜和上浮后都由人工紧固密封，但这就是一个全职艇员的工作了，不可行 。最初的临时解决办法是螺旋桨反转100转，密封件一般会回位、恢复密封，但这也不是个办法 。而且发现问题时，设计和制造密封件的原厂倒闭了，ASC拒绝担责，最后还是找到新的密封件厂家、全新设计后，才根本解决了问题 。
螺旋桨也出问题了 。这是手工精磨的，确保复杂的外形符合设计要求，但一致度不够，最后都需要五轴数控机床重新精磨 。材质强度也达不到要求，导致提前出现疲劳裂纹 。这时考库姆因为冷战结束和生意冷淡而处于萧条中（2005年卖给德国HDW，2014年又被萨伯购入，重新成为瑞典公司），澳大利亚海军直接请美国海军帮助重新设计螺旋桨，解决了问题，但招来考库姆的知识产权官司 。
动力系统还有其他问题：柴油机取消了飞轮，导致振动超标；涡轮增压器的制造质量问题导致油耗超标；排气消音器设计不合理导致噪音超标；电池舱温控风扇电压错误导致电机噪音等 。2010年，三艘用澳大利亚制造的发电机的艇都必须更换发电机，一艘用法国制造的发电机则没有问题 。
潜望镜柱不是流线型的，在一定航速时升起后导致强大的阻力和紊流，整个潜艇都会抖动起来 。和其他很多问题一样，谁负责解决一直是个争吵不休的问题 。潜望镜也有光学问题 。指挥塔上可升降的不止潜望镜，还有红外装置和雷达天线 。大多数国家规定红外和雷达放在最前面，潜望镜稍后，考库姆的设计也是这样的 。澳大利亚海军规定潜望镜最前，考库姆只有接一段带拐弯的“望远镜”，绕过前面的红外和雷达，导致一系列问题 。
潜望镜修改前，升起的时候引起强大的紊流和振动（图源：美国海军图片）
最大的问题其实是并不进入公众视界的作战系统，这对应于战斗机上的火控系统 。“柯林斯”级采用美国洛克威尔设计的作战系统，但使用了美国Singer Librascope（现洛克希德水下系统的一部分）和法国Thomson CSF（现泰利斯的一部分）的子系统 。后两者以知识产权为理由，拒绝将软件代码交给洛克威尔 。更大的问题是澳大利亚海军的要求需要定制大量硬件软件，从设计到制造到测试都需要时间，但等到装艇的时候已经过时了 。
最初的作战系统成为老大难问题（图源：Roy McBride）
洛克威尔在能掉链子的地方都掉链子了，在规定整体交货的时候，只有分系统完成了测试，各种延期、不达标迫使ASC发出整改令，但澳大利亚国防部拦住了，与其等洛克威尔逐步交付和打补丁也不敢得罪，要是洛克威尔撂挑子，损失更大 。
1996年，洛克威尔把水下系统部分卖给波音，波音认为设计需要大改，当然需要澳大利亚打钱 。澳大利亚不干，于是波音联手雷西恩，提出降格系统 。2000年，波音水下系统被出售给雷西恩，但澳大利亚海军也失去了耐心，先用货架产品改进升级，然后寻求全新设计 。第二版以“洛杉矶”级的雷西恩CCS Mk2的部份模块为基础构架，这一次很顺利地就打通了 。

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