目前在长江中还有一种鲥鱼，是来自东南亚的长尾鲥，也经常被一些人误以为是长江鲥鱼，而真正的长江鲥鱼已经功能性灭绝了 。
第二、目前属于珍稀濒危物种的水生鱼类 。
一.微笑天使--长江江豚
长江江豚
江豚俗称江猪，是我国长江独有的鲸豚类动物，在长江主干道中曾经非常常见，如今 ， 江豚属于国家准一级保护动物 ， 栖息于长江干流以及鄱阳湖、洞庭湖中 。江豚喜欢追逐波浪，所以经常有江猪逐浪的描述，但是，这也对江豚造成了一定的威胁，因为航运船只在行进中会掀起波浪，引起江豚的追逐，很容易被螺旋桨伤害 。和白鱀豚一样，江豚也主要依靠声呐回声定位,轮船螺旋桨的声音会误导江豚,最终导致被螺旋桨绞死或者绞伤
统计
1991年，长江江豚数量是2700多头 。
【四川哪里有鲟鱼卖】2006年，国际联合考察组经一个多月的调查发现，长江江豚数量已不足1800头 。
2012年，长江江豚的数量只剩下1200头 。
2018年7月，农业农村部发布的调查报告中显示，长江江豚的数量为1012头 ， 为极度濒危的水生野生动物 。
二、扬子鳄
扬子鳄
扬子鳄有着2.3亿年左右的历史，也是长江中仅次于白鲟的古老生物 ， 是地球上生活在最北边的鳄鱼，有冬眠的习惯来避开寒冷的季节 。是我国长江中特有的爬行动物，因为长江也被叫做扬子江 ， 所以被命名为扬子鳄 。是世界上现存的23种鳄类中最濒危的物种之一 ， 也是我国国家一级野生保护动物 。
目前国内已经建立了多个扬子鳄保护和繁育基地，人工饲养环境下的扬子鳄数量已经达到了两万多只，目前已经成功野化的扬子鳄数量大约在两百多只，与华南虎一样，缺乏合适的野生环境是扬子鳄野化的最大困难 。
三、中国大鲵
大鲵
也叫娃娃鱼 ， 是我国特有的物种，是世界上最大的两栖动物 ， 曾经广泛分布在长江、黄河、珠江等流域的省份，1988年，中国大鲵被列为国家二级保护动物；1995年被列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》；1998年被《中国濒危动物红皮书》列为极危（CR）物种；2016年被《中国脊椎动物红色名录》列为极危物种 。
由于长期的捕捉，野生的娃娃鱼已经很少见，大多是人工养殖的 ， 娃娃鱼主要生活在水质比较清澈的河流中，在浅滩区域捕食，以螃蟹、鱼虾为食物，是淡水中凶猛的捕食者，最大可以长到2米多 ， 叫声奇特，如同小孩子的哭声 。
四、胭脂鱼
胭脂鱼
有着亚洲美人鱼之称，是国家二级保护动物，生活在长江水系中 ， 又名黄排、血排、粉排、火烧鳊、木叶盘、红鱼、紫鳊、燕雀鱼、火排、中国帆鳍吸鱼等 。胭脂鱼生长速度很缓慢，一般可以活25年左右，最大能长到一米多，重达30公斤 。在浅滩处产卵孵化，在深水处越冬 。
五、长薄鳅
长薄鳅
俗名薄花鳅、红沙鳅钻等，生活于长江的中上游 ， 在水流较急的河滩、溪涧中生活，以小型鱼虾为食物，是肉食性鱼类 。
是中国的特有物种 ， 在《中国物种红色名录》和《中国濒危动物红皮书鱼类》中均被列为易危等级 。
六、长江鱼王--中华鲟
中华鲟
中华鲟，也叫做:鲟鱼、鳇鲟、黄鲟、潭龙、 鳇鱼、鲟鲨、腊子、大腊子等 。是我国长江中最重要的鱼类之一，被称为长江鱼王 。四川渔民有“千斤腊子，万斤象”的谚语，腊子即指中华鲟，中华鲟生长速度快，一般成熟雄鱼重80市斤以上，雌鱼重240市斤以上 。
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